היועצים המשפטיים של משרדי הממשלה כפופים מנהלית להנהלת המשרד ומקצועית ליועץ המשפטי לממשלה. הבעיה מתחילה בכך שחוות דעתם מחייבת את גם את הנהלת המשרד וגם את השר האחראי על המשרד. בנוסף, לשם הפסקת עבודתם של היועצים המשפטיים נדרשת הסכמת היועץ המשפטי לממשלה, על כן, כאשר רצונו של השר מתנגש עם דעתו של היועץ המשפטי של משרדו, לרוב, תהא ידו של היועץ המשפטי על העליונה.
לאור האמור, על מנת לנסות ולקדם מצב בו חוות הדעת המשפטיות יצאו מנקודת מוצא של גיבוי ותמיכה במדיניות השר ולא יטרפדו אותה, הונחה לאחרונה על שולחן הכנסת ע"י ח"כ מהקואליציה הצעה לתיקון חוק שירות המדינה (מינויים). ההצעה קובעת כי מינוי היועץ המשפטי של כל משרד ממשלתי יבוצע ע"י הממשלה בהמלצת השר. כלומר בפועל היועץ המשפטי יהפוך למשרת אמון של השר מה שיבטיח פחות ופחות התנגשויות עם מדיניותו.
